Per quanto sia in realtà una famiglia geograficamente vasta, compatta e massiccia, l'ANEA si è data una struttura generale simile ad altre soltanto in apparenza, perché è priva di supporti logistici e di personale che richiedono di norma dei consistenti mezzi economici fissi. E' dunque alquanto atipica. Tuttavia, essa ha:

a. un Consiglio di Presidenza, composto di sette membri, ma allargabile. Più che un vertice, il C.P. è il punto di coagulo delle tematiche ed il mezzo espressivo delle istanze che gli aderenti pongono sul tappeto nel corso di incontri ed assemblee. Si cerca di mantenere in costante e perfetta osmosi Consiglio di Presidenza, direttivi di sezione e aderenti;

b. Il Congresso che si celebra ogni tre anni. Al di là di un momento di bilancio formale, il Congresso è visto come un reale bisogno di osservarsi allo specchio dei propri valori; di stabilire se il sentire degli aderenti fluisce senza intoppi al C.P. e se questo incontra particolari situazioni difficili nel far conoscere efficacemente e su larga scala la tematica di emigrati e rimpatriati; provvedere agli avvicendamenti in seno al Consiglio di Presidenza.

c. Sezioni formate con un proprio direttivo da gruppi di rimpatriati ed emigrati geograficamente vicini. Adesioni isolate vengono inserite nella sezione di Padova a motivo della sua funzione di centro di tutta l'associazione.

d. Finanziamenti. Nessun ente pubblico o privato finanzia l'ANEA come tale. Essa opera in base a servizi resi gratuitamente e a donazioni spontanee.